《通知》要求，教育行政部门自查主要内容包括：1.工作部署推动情况。主要包括：出台政策、召开会议、财政投入、专项行动、督导检查等工作情况；2.改善教育条件情况。主要包括：优先满足留守儿童寄宿需求、用餐需求、交通需求等工作情况；3.加强教育管理情况。主要包括：摸清底数、建立档案，学籍管理、控辍保学，心理健康、法制安全教育，以及家校联动等工作情况；4.构建关爱服务机制情况。主要包括：支持家庭教育、社区关爱服务、社会关爱活动等工作情况；5.面临的困难和问题。梳理问题，分析原因，提出下一步工作考虑和建议。
《通知》强调，各地要全面排查留守儿童工作中存在的问题和薄弱环节，制订整改方案，推动进一步建立和完善相关机制，将各项留守儿童教育关爱工作措施落到实处。同时对发现的好经验、好做法进行总结推广。
《通知》要求对“是否建立留守儿童档案”“是否建立寄宿管理、安全管理、卫生管理等工作制度”“是否有针对性地开展心理健康教育、法制安全教育”“是否开展结对帮扶”“是否注重家校联动”五项作为农村中小学校自查主要内容。